云南農業大學歷史可追溯到1907年創辦的云南農業學堂，1938年國立云南大學農學院創辦，建址昆明市呈貢縣；1958年獨立建成昆明農林學院，遷址昆明北郊黑龍潭。1962年滇南大學、滇西大學并入昆明農林學院，1969年搬遷至大理州賓川縣，1970年遷至原曲靖地區尋甸縣，1971年與云南農業勞動大學合并成立云南農業大學，1980年搬回昆明北郊黑龍潭。2004年，云南省建筑工程學校、云南省香料研究開發中心并入云南農業大學。2014年，云南熱帶作物職業學院并入云南農業大學。
截至2020年12月，學校有校本部和五華校區、普洱校區、西雙版納校區，占地面積3803畝，占地面積253.52萬平方米，校舍面積65.31萬平方米，教學科研儀器設備總值36911萬元；下設22個學院，81個本科專業；有在職教職工1783人，其中高級職稱700余人，全日制在校生32620人，成人教育學生7504人，各類留學生近200人。