2、涵蓋的大學不一樣：全國重點大學除了“211”工程院校之外，還包括了雙一流、省部共建的大學，它所涵蓋的大學數量上要多一些。
3、建設的時間不一樣：全國重點大學前后于1954年建設六所、1959年建設十六所、六十年代擴充68所（包括1960年64所、1963年增加3所、1963年增加1所）1978年建設88所。211工程則于1995年11月經國務院批準后正式啟動。
1978年，國務院確定88所全國重點大學（恢復文革前60所全國重點高等學校，并增加28所高校為重點大學）。從1978年到1981年陸續追加11所全國重點高等學校，至1981年共99所重點大學。在上世紀90年代全國高校體制改革后，”全國重點大學“這一名稱不再被政府官方所使用。