兩者的性質不同：
1、重點大學的性質：被重點支持建設的大學，其在不同時期有不同的含義。
2、普通大學的性質：全日制普通高校是指辦學水平至少要達到培養統招專科生的要求的學校，有招收全日制專科生的資格。
兩者的概述不同：
1、重點大學的概述：現代意義上的重點大學包括入選“雙一流”、“2011計劃”、中西部高校基礎能力建設工程等國家項目建設大學和原全國重點大學，以及中央部屬大學、省部共建大學和省、直轄市、自治區政府確定的省屬重點大學等。
2、普通大學的概述：普通高等學校簡稱“普通高校”，是指由國家教育部或省級教育行政部門（含自治區、直轄市等）主管的實行高等教育的學校。
兩者的類別不同：
1、重點大學的類別：公立學校。
2、普通大學的類別：包括公立學校和私立學校。