濟寧醫學院的前身是創建于1952年的山東省濟寧醫士學校，位于山東省濟寧市，1958年改為濟寧醫學院，招收第一屆本科生；1959年改為濟寧醫學專科學校； 1987年1月，經原國家教育委員會批準，更名為濟寧醫學院；2008年4月學校以“優秀”成績順利通過國家教育部本科教學工作水平評估。
截至2013年6月，濟寧醫學院有濟寧、北湖、日照3個校區，占地總面積為124萬余平方米，建筑面積67萬余平方米。學校固定資產總值9.45億元，其中教學科研儀器設備總值1.9億元，館藏圖書總量為150余萬冊。北湖校區坐落在孔孟之鄉、禮儀之邦、素有江北小蘇州之稱的濟寧市北湖新區。日照校區坐落在黃海之濱、素有“東方夏威夷”之稱的日照市。
截至2013年6月，學校有15個教學院系部，下設35個本科專業和專業方向，涵蓋醫、理、工、管、文五個學科門類。有1個一級學科專業碩士學位授權點。學校面向全國26個省、市、自治區招生，有全日制在校研究生、本、專科生16800余人。有計劃的招收部分國家或地區留學生。