2002年，由原巢湖衛生學校、巢湖農業學校（安徽省土地管理學校）、巢湖財政學校合并升格為巢湖職業技術學院。隨后，安徽省汽車運輸高級技工學校、安徽廣播電視大學巢湖分校和巢湖商業干部學校先后并入。2012年4月，教育部批準巢湖職業技術學院更名為合肥職業技術學院。
學校擁有2個校區，學校現占地面積1260畝,總建筑面積約50萬平方米，總投資約23億元；現有教職工602名，其中專任教師505人，教授30人，副高以上職稱教師150人，校內外兼職教師175人；擁有紙質圖書60余萬冊，電子圖書36TB，紙質中外文期刊650余種，電子期刊8596種；有校內實驗實訓室216個，校外實習實訓基地140個，教學用計算機4000余臺。學校獲得“省校企合作示范基地”“省級創業學院”稱號。