藍藻包括藍球藻、顫藻、念珠藻等，藍藻分布十分廣泛，遍及世界各地，但大多數(shù)（約75%）淡水產，少數(shù)海產；有些藍藻可生活在60～85℃的溫泉中；有些種類和菌、苔蘚、蕨類和裸子植物共生；有些還可穿入鈣質巖石或介殼中(如穿鈣藻類)或土壤深層中。
藍藻的繁殖方式有兩類，一為營養(yǎng)繁殖，包括細胞直接分裂（即裂殖）、群體破裂和絲狀體產生藻殖段等幾種方法，另一種為某些藍藻可產生內生孢子或外生孢子等，以進行無性生殖，孢子無鞭毛。至2018年尚未發(fā)現(xiàn)藍藻有真正的有性生殖。