原子是化學反應不可再分的最小微粒。一個正原子包含有一個致密的原子核及若干圍繞在原子核周圍帶負電的電子。而負原子的原子核帶負電，周圍的負電子帶正電。正原子的原子核由帶正電的質子和電中性的中子組成。負原子原子核中的反質子帶負電，從而使負原子的原子核帶負電。當質子數與電子數相同時，這個原子就是電中性的；否則，就是帶有正電荷或者負電荷的離子。根據質子和中子數量的不同，原子的類型也不同：質子數決定了該原子屬于哪一種元素，而中子數則確定了該原子是此元素的哪一個同位素。原子構成分子而分子組成物質中同種電荷相互排斥，不同種電荷相互吸引。
原子的質量極小，一般為-27次冪，質量主要集中在質子和中子上。原子核外分布著電子，電子躍遷產生光譜，電子決定了一個元素的化學性質，并且對原子的磁性有著很大的影響。所有質子數相同的原子組成元素，每種元素大多有一種不穩定的同位素，可以進行放射性衰變。
原子最早是哲學上具有本體論意義的抽象概念，隨著人類認識的進步，原子逐漸從抽象的概念逐漸成為科學的理論。原子核以及電子屬于微觀粒子，構成原子。而原子又可以構成分子。