上海海事大學辦學歷史溯源于1909年的晚清郵傳部上海高等實業學堂船政科，1911年郵傳部高等商船學堂正式成立，歷經易名、停辦、調整和恢復，繼為交通部吳淞商船學校、交通部吳淞商船專科學校、國立重慶商船專科學校、國立吳淞商船專科學校、國立上海航務學院。1958年，交通部重新組建上海海運學院。2000年，上海海運學院由交通部劃歸上海市人民政府管理。2004年經教育部批準更名為上海海事大學。2008年，上海市人民政府和交通運輸部簽署共建上海海事大學的意見。
學校有臨港校區（主校區）、港灣校區、民生路高恒大廈等3個校區，總建筑面積60萬平方米；設有14個二級辦學部門，開設49個本科專業，設有3個博士后科研流動站，4個一級學科博士點，16個一級學科碩士學位授權點，13個碩士專業學位授權類別；有專任教師1300余名，本科生16000余人，各類在校研究生7200余人，留學生近600名。