南昌工程學院前身為創建于1958年的江西水利電力學院，此后歷經江西省水利水電學校大專部、江西工學院水利分院、江西水利專科學校、南昌水利水電專科學校、南昌水利水電高等專科學校，2004年升格為本科院校，更名為南昌工程學院；2005年被批準為學士學位授予單位；2011年被批準為碩士專業學位研究生培養試點高校。
學校設有研究生院、水利與生態工程學院、土木與建筑工程學院、機械與電氣工程學院、信息工程學院、工商管理學院、經濟貿易學院、人文與藝術學院、理學院、外國語學院、國際教育學院、馬克思主義學院、體育教學部、士官學院、瑤湖學院和繼續教育學院等16個教學院（部），開設57個本科專業。