南京信息工程大學有大氣科學學院、應用氣象學院、大氣物理學院、地理科學學院、遙感與測繪工程學院、水文與水資源工程學院、海洋科學學院、環境科學與工程學院、自動化學院、電子與信息工程學院、計算機與軟件學院、數學與統計學院、物理與光電工程學院、法政學院、馬克思主義學院、管理工程學院、商學院、文學院、傳媒與藝術學院、教師教育學院等20個專業學院，擁有雷丁學院（中英合作）、長望學院（拔尖培養）、應用技術學院、繼續教育學院、藕舫學院（創新創業）、濱江學院（獨立學院）等高水平辦學機構。開辦68個本科專業，覆蓋理、工、管、文、 經、法、農、藝八大學科門類。