1、南通大學：位于南通。2004年5月經教育部批準，由南通醫學院、南通工學院、南通師范學院三所本科大學合并組建而成。
2、南通理工學院：位于南通。根據2018年2月學校官網顯示，學校擁有南通和海安兩個校區，占地面積1200畝，建筑面積33余萬平米。學校在校學生超萬人，設有機械工程學院、汽車工程學院、建筑工程學院、商學院、電氣與能源工程學院、計算機與信息工程學院等9個二級學院，設置本科專業共29個。
3、江蘇工程職業技術學院：位于南通。學校的辦學歷史可以追溯到1912年由著名愛國實業家、教育家張謇先生創辦的中國第一所紡織專門學校；1999年，獨立升格為“南通紡織職業技術學院”；2014年，正式更名為江蘇工程職業技術學院，2018年被確定為江蘇省高水平高職院校建設單位。
4、南通航運職業技術學院：位于南通。學院創辦于1960年，原名江蘇省南通河運學校，更名為江蘇省南通航運學校，2000年升格為高等職業技術學院。
5、南通科技職業學院：位于南通。南通科技職業學院始建于1945年，經歷過國立高級農業職業學校、南通農業專科學校、江蘇省南通農業學校等時期；2003年7月，經江蘇省人民政府批準，學校升格為南通農業職業技術學院；2014年10月，更名為南通科技職業學院。